Prvostupanjska je to presuda sudskog vijeća Županijskoga suda u Šibeniku kojim je predsjedao sudac Branko Ivić, a za Vatavuk je predložena jednogodišnja zatvorska kazna koja se neće provesti ako okrivljena u tri godine ne počini novo kazneno djelo. Također, sud je prihvatio imovinsko-pravni zahtjev Zavoda za javno zdravstvo Šibensko-kninske županije pa Vatavuk mora vratiti 614 tisuća kuna. Odvjetnik okrivljene Krešimir Škarica najavio je žalbu na takvu presudu Vrhovnom sudu.
U obrazloženju presude sudac Ivić je rekao kako je stajalište suda takvo da je Vatavuk imala pravo donijeti odluku o vlastitoj pripravnosti ravnateljice i liječnice, ali ta odluka nije bila zakonita."Iz presude je izostavljen dio o sakrivanju zapisnika s Upravnog vijeća Zavoda iz 2005. godine, kada je Vatavuk donijela odluku o svojoj pripravnosti budući da to nisu obilježja kaznenog djela. Njezina odluka iz 2005. godine jasna je na način da se uvodi pripravnost za mikrobiologe i ravnateljicu. Dopuštamo mogućnost da je Vatavuk, budući da nije pravnica, mogla u toj odluci napisati ravnateljica epidemiologinja. Zato su kao svjedoci ispitani epidemiolozi, i da su oni potvrdili da je okrivljena stvarno kao epidemiologinja bila pripravna te da su trebali njenu pomoć, ne bi bila kriva", rekao je Ivić."Ipak, ti su liječnici rekli da im nije bila potrebna jer su se s terena prvo konzultirali s voditeljicom službe epidemiologije, pa je i ona mogla primati naknadu za pripravnost, a nije ju primala. To što je Vatavuk jednom išla na teren i bila članica kriznog stožera ne može opravdati naknadu za pripravnost jer je to, kao i istupanje u javnost, posao ravnateljice", rekao je sudac.
Vatavuk je pokušala dokazati da su u drugim hrvatskim zavodima ravnatelji dežurni, ali 'u zdravstvu je takav nered i netransparentnost da radi što tko želi', izjavio je sudac Ivić i dodao: "Možete se pitati što sam ja Bogu skrivila da onda sudite meni, ali sud sudi onome tko je optužen."Županijsko državno odvjetništvo u Šibeniku u listopadu 2017., zbog kaznenog djela zloporabe položaja i ovlasti, podignulo je optužnicu protiv bivše ravnateljice Zavoda za javno zdravstvo Šibensko-kninske županije Suzi Vatavuk.To je odvjetništvo teretilo Vatavuk da je od 17. ožujka 2005. kao ravnateljica šibenskoga Zavoda za javno zdravstvo, s ciljem da si pribavi znatnu protupravnu imovinsku korist protivno zakonu i odluci Zavoda iz 2003., donijela odluku kojom si je kao ravnateljici i liječniku specijalistu uvela naknadu za pripravnost iako u tom svojstvu nije bila niti je mogla biti u pripravnosti.
Tereti ju se da je zatim svaki mjesec, kao ravnateljica Zavoda, odobravala sebi isplatu naknade za pripravnost zajedno s redovitom plaćom primajući naknadu sve do veljače 2014., kada je mjerodavni Zavod za zdravstveno osiguranje, provodeći nadzor nad radom Zavoda utvrdio da nezakonito prima naknadu za pripravnost. Tad je tom zavodu naloženo da joj zaustavi daljnju isplatu za pripravnost te je zavodu za to izrečena opomena, stoji u lanjskoj optužnici kojom se Vatavuk tereti da joj je u devet godina na ime pripravnosti isplaćeno 388.765,30 kuna u neto iznosu, a budući da je Zavod uz navedeni neto iznos uplaćivao doprinose, poreze i prireze, oštećen je za 614.576,94 kune.
